2002年12月至2003年3月间，黄锡斌分批拿到了铁路方面的赔款，共计54000余元。

然而，就在最后一笔赔款拿到手后不久，黄锡斌被警方带走。

据南京铁路运输法院刑事判决书显示，2003年3月21日，黄锡斌因涉嫌诈骗罪被刑事拘留，同年4月25日被逮捕。

2003年12月，南京市铁路运输检察院向南京市铁路运输法院提起公诉。

检方指控称，被告人黄锡斌“在明知铁路零担运输容易发生货物短少或灭失的情况下”，于2002年采取“低值高保”的手段，比如7元一副的皮手套保价40元一副、170元一件的热水器电脑板保价300元等，在南京西站办理了保价运输手续。货物短少或灭失后，黄锡斌在办理赔偿手续过程中，又采取用假发票隐瞒实际价格的手法，骗取赔款5万余元。

法院对检方的指控表示认同，并提出，黄锡斌“对高保价的货物仅用旧纸箱作简易包装”，货物丢失后，用假发票连续多次骗取赔款，符合刑法规定的诈骗罪犯的特征。

判决书中还提到，黄在公安侦查阶段多次供述称，自己托运货物多保价，有时使用破旧纸箱，有时在货物中夹杂其他物品等，目的都是“货物短少后，骗取铁路多赔款”。

判决书显示，黄锡斌曾主动投案，供述罪行后又翻供。

此外，判决书显示，黄锡斌系主动投案，但供述自己的罪行后又翻供，不能认定为自首。

南京市铁路运输法院据此判决，被告人黄锡斌犯诈骗罪，判处有期徒刑四年，罚金二万元。同时，公安机关查扣的赃款五万余元，予以追缴。

对此结果，黄锡斌感到不服，提出上诉。

2004年3月，上海铁路运输中级法院公开审理了黄锡斌上诉案。

该院认为，黄锡斌虽然没有虚构托运货物，也没有捏造遗失货物的事实，但主观上具有骗取高额保价款的故意，对货物仅用旧纸箱简易包装，故意留有破口或混装其他物品进行运输。