目前有3项建设工程从公园的核心景观区直接穿越。一是“西气东输”二线天然气管道工程，已经以填埋的方式完成了施工;二是从莞高速清溪支线工程，以打通隧道的方式穿越公园核心区;三是东莞供电局高压输电线路穿越观音山架设线塔工程。

　　第一、中石油管道“西气东输”二线工程

　　按照2008年最初环保部批准设计的“西气东输”二线工程的天然气管道工程并不通过观音山公园，而是从公园边缘地下顶管通过。

　　2011年初开始，中石油管道“西气东输”二线工程擅自改道穿越观音山公园核心景区，并不顾观音山公园强烈反对强行施工，砍伐近8000株林木，毁掉了上万平方米的林地。

　　2011年12月13日在东莞方面和项目施工方的“原方案通过区域现已建成学校、工厂，不适合工程通过”欺骗下，获得国家环保部对变更方案的环评批复。

　　2012年2月15日上午8点左右，东莞政府部门在未告知环评批复的情况下，组织千余名公安、武警、城管等部门，强行进驻观音山国家森林公园内，支持中石油天然气管理工程强行在观音山公园内施工，并与公园员工及游客、佛教信众发生了严重冲突!

　　冲突现场发生在观音山国家森林公园正门楼附近。大批全副武装的公安警员手持警棍警械，将观音山公园门楼及上下山口、施工现场全部围住，封锁了整个公园。并不停的恐吓警告员工及游客，不得围观。当天，51名公园高管和员工被强行抓走，其中13人被拘留8-15天(4名高管三人被拘留15天，一人受伤)，于此同时强行开展大规模的工程施工，使整个国家公园处于瘫痪状态!

　　第二、东莞供电局高压输电线路穿越观音山架设线塔工程

　　2013年9月18日的《经济参考报》新闻报道中指出，“站在观音山国家森林公园的观光公路上，不到100米的地方，6组高压线依次排开。距这6组高压线不远处，有4个刚建成的新塔基。这4个新塔基属于220千伏东莞至角布双回送电线路工程、110千伏鹿窝输变电配套线路工程。”

　　2013年7月3日，广东省林业厅在给广东电网公司《关于观音山森林公园内电网建设问题的复函》中称，东莞电力局两个电力项目需新征占用观音山国家森林公园的林地，按照国家林业局的有关规定，征占用国家森林公园的林地，需征得观音山国家森林公园同意后，报国家林业局审批。

　　但观音山公园方面多次提出反对，但均无果。

　　第三、从莞高速清溪支线工程

　　人民网报道披露，从莞高速公路工程将以3公里隧道的形式穿越观音山并以爆破的方式开挖隧道。公园曾多次反映实际问题，要求重新规划路线，重新评估可能带来的生态灾难。然而，工程承建单位迟迟不给予回复。